Les papayers sont très sensibles à l’anthracnose qui cause la pourriture sur les fruits. Les symptômes se présentent sous forme de  taches déprimées  qui se couvrent de coussinets de spores de couleurs variées (blanc, gris, rose). La pulpe devient molle et prend un goût amer.

Des cochenilles peuvent infester les feuilles, les fruits et troncs en saison sèche. Le tronc et les racines sont également par des champignons du genre phytophtora et pythium.

Attaque par le phytophtora : les fruits se recouvrent d’un feutre mycélien blanc, se momifient et tombent. Les racines et les collets sont atteints de pourritures noires qui provoquent des chancres sur le tronc. A ce stade, la mort des papayers est inévitable.

Attaque par pythium : les feuilles jaunissent, les nouvelles feuilles restent petites avec un pétiole raccourci, les fruits sont petits et ne mûrissent pas.

Depuis 2005, les plantations de papayers solos ont fourni des productions satisfaisantes (50-60 papayes/arbre/an). Compte tenu de cette performance, on peut dire que le papayer solo s’adapte bien au climat de la côte Est de Madagascar. Ainsi 15 000 plants ont été diffusés en paysannat depuis l’année 2008. Par ailleurs, les deux autres variétés (Formosa et Sunrise) ont été testées mais leur diffusion n’a pas été programmée.